В 1989 году окончил лечебный факультет второго МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова и в том же году начал работу в качестве врача-хирурга в Российском Научном центре хирургии им. академика Б.В. Петровского.
С 1989 по 1996г.г. – работал в отделении хирургии аорты, с октября 1996 года по настоящее время работает в отделение хирургии сосудов.
Вахратьян П.Е. владеет широким спектром сосудистых операций, самостоятельно выполняет реконструктивные операции разной степени сложности на различных сосудистых бассейнах. Быстро осваивает и внедряет новые хирургические методики лечения.
В 1997году защитил кандидатскую диссертацию на тему: «Результаты хирургического лечения больных ИБС с множественным поражением коронарных артерий и аневризмой левого желудочка».
С 2006 г. по 2018 год работал в должности доцента на кафедре госпитальной хирургии №2 лечебного факультета Первого МГМУ им. И.М. Сеченова.
В настоящее время сфера научных интересов заболевания венозной системы. Занимается хирургическим лечением хронической венозной недостаточности и варикозной болезнью нижних конечностей, работает над докторской диссертацией и монографией. Имеет более 96 печатных работ, соавтор двух учебных пособий, соавтор 1-го патента на изобретение.
Вахратьян П.Е. имеет действующие сертификаты по специальностям хирургия и сердечнососудистая хирургия, является действительным членом Российского общества хирургов (РОХ), Российского общества ангиологов и сосудистых хирургов (РОАиСХ), членом Ассоциации флебологов России (АФР), активно участвует в конференциях и других научных форумах в России и за рубежом.
Вахратьян П.Е. отмечен наградами министерства здравоохранения, награжден почетным знаком «Отличник здравоохранения» в 2014г и отмечен в книге «Лучшие врачи Москвы» за 2009 и 2012 годы.