В 1997 г. окончила Саратовский государственный медицинский университет по специальности врач-педиатр, в 1999 г. ординатуру по неврологии на базе МОНИКИ имени М.Ф. Владимирского. По окончании работала в неврологическом отделении МОНИКИ им. М.Ф. Владимирского.
С 2006 г. ведет прием амбулаторных больных и осуществляет консультативную помощь пациентам хирургического стационара ФГБНУ РНЦХ имени акад. Б.В. Петровского. В 2014 г. защитила кандидатскую диссертацию. Участник и докладчик на Российских и международных конференциях по неврологии. Имеет более 50 печатных работ, регулярно выступает с докладами на научных конференциях. Участвует в научно-исследовательской деятельности подразделения.
Направления научно-практической деятельности: болевые синдромы, цереброваскулярные расстройства, патология периферической нервной системы, дисплазии соединительной ткани.
Щербакова Н.Е. является членом Российского общества изучения боли (РОИБ).